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| Titre du sujet | Auteur | Année | Numéro |
| L’Œcidium elatinum | Cuif | 1902 | 3 |
| Flore bryologique du marais de Saône | Hillier | 1902 | 3 |
| Sur la dispersion de Hypnum aduncum dans la région jurassienne | Hillier | 1903 | 6 |
| L’édaphisme chimique ; considérations sur les rapports du sol avec la flore | Magnin A. | 1903 | 7 |
| Note préliminaire sur les Hépatiques des environs de Besançon | Hillier | 1905 | 10 |
| Les sphaignes des tourbières des basses Vosges | Hillier | 1906 | 12 |
| La distribution géographique du cornouiller mâle dans le département du Doubs et les chaînes du Jura | Luneau et Magnin | 1907 | 13 |
| Particularités de la flore de Solutré | Magnin | 1907 | 13 |
| Note sur les spirogyres des environs de Besançon | Virieux | 1908 | 16 |
| Observation sur la corolle du millepertuis à propos d’une anomalie de sa préfloraison | Laurent | 1909-10 | 19 |
| Note sur le Dichotomosiphon tuberosus (A. Br.) Ernst et sur le Mischococcus confervicola Naeg. | Virieux | 1909-10 | 19 |
| Observations sur l’hétérostylie et les hybrides des Primevères | Magnin | 1911 | 21 |
| Notes d’herborisations en Franche-Comté | Virieux | 1911 | 21 |
| Quelques algues de Franche-Comté, rares ou nouvelles | Virieux | 1911 | 21 |
| Promenades bryologiques dans les monts du Jura | Hillier | 1913 | 24 |
| Notes de botanique | Magnin | 1913 | 25 |
| Plantes hybrides observées aux environs de Pontarlier en 1910-1911 | Thiébaut | 1913 | 25 |
| Notes de botanique | Magnin | 1913 | 27 |
| Quelques algues et péridiniens de Franche-Comté | Virieux | 1913 | 27 |
| Notes de botanique | Magnin | 1914 | 28 |
| Notes de botanique - L’Isopyrum thalictroides, nouv. loc., distribution géographique, castration par Triphragmium isopyri | Magnin | 1914 | 28 |
| Notes de botanique - La végétation de la Sainte-Baume | Magnin | 1914 | 28 |
| Notes de botanique - Particularités de la flore alpine | Magnin | 1914 | 28 |
| Notes de botanique - Quelques particularités du Jura sanclaudien | Magnin | 1914 | 28 |
| Distribution géographique des plantes médicinales dans les dépôts du Doubs et du Jura | Magnin | 1919 | 31 |
| L’Institut botanique de l’Université de Besançon en 1917-1918 | Magnin | 1919 | 31 |
| Notice sur le botaniste Charles BLIND | Magnin | 1919 | 31 |
| La botanique à Besançon de 1691 à 1920 | Magnin | 1920-23 | 33 |
| L’Osmunda regalis dans le département du Doubs | Hillier | 1923-26 | 34 |
| Phytelephas macrocarpa | Michel | 1923-26 | 34 |
| Les associations végétales de la partie supérieure de la vallée de la Loue | Imchenetzki | 1926-27 | 35 |
| Les associations végétales de la partie supérieure. Aperçu géographique | Imchenetzki | 1926-27 | 35 |
| Les associations végétales de la partie supérieure. Les groupements végétaux | Imchenetzki | 1926-27 | 35 |
| Les associations végétales de la partie supérieure. Associations aquatiques | Imchenetzki | 1926-27 | 35 |
| Les associations végétales de la partie supérieure. Associations des prairies mésophiles et xérophiles | Imchenetzki | 1926-27 | 35 |
| Les associations végétales de la partie supérieure. Groupements alluvionnaires et riverains | Imchenetzki | 1926-27 | 35 |
| Les groupements végétaux (suite) | Imchenetzki | 1927 | 36 |
| Quelques plantes rares ou intéressantes des environs de Besançon | Hillier | 1929 | 38 |
| Note sur la flore et la faune diluviales du Jura dubisien | Clerc | 1930 | 39 |
| Deux diplômes d’études supérieures à l’Université de BESANÇON (à l’Institut Botanique) | Eberhardt | 1934 | 44 |
| Au sujet d’une mousse thermophile à Rosemont | Hillier | 1934 | 44 |
| Sur quelques anomalies foliaires et florales de Saxifraga crassifolia | Gagey | 1935 | 46 |
| Stenactis annua Nees à la forêt de la Serre | Hillier | 1935 | 46 |
| Les Trichostomées dans la zone inférieure de la chaîne jurassienne | Hillier | 1936 | 47 |
| Les forêts du Doubs | Chair | 1937 | 48 |
| La faune et la flore sahariennes | Marcot M. | 1937 | 48 |
| Les hormones de croissance végétale | Crolet | 1939-41 | 50 |
| Le Vaccinium myrtillus à proximité de Besançon | Hillier | 1939-41 | 50 |
| Une salade nouvelle en voie d’immigration dans le Jura : le Lagoseris nemausensis | Walter | 1942-45 | 51 |
| Les mouvements révolutifs des vrilles de Passifloracées | Quantin A. | 1946-48 | 52 |
| Les jardins botaniques, les collections de plein air et de serres du parc de la Tête-d’Or à Lyon | Tronchet A. | 1946-48 | 52 |
| Sur la possibilité d’une influence des tuteurs sur le mouvement d’exploration des vrilles | Tronchet A. et J. | 1946-48 | 52 |
| Foliarisation et nature du pistil chez Trifolium repens | Baillaud L. | 1949 | 53 |
| La structure du pistil et son interprétation | Baillaud L. | 1949 | 53 |
| Les mouvements révolutifs chez les vrilles simples de légumineuses | Quantin A. | 1949 | 53 |
| Aperçu historique et bibliographique sur la Floristique et la Phytosociologie en Franche-Comté et régions limitrophes | Tronchet A. | 1949 | 53 |
| Les mouvements révolutifs de la tige de cuscute | Tronchet A. | 1949 | 53 |
| Observations sur des pistils anormaux de Tulipe | Tronchet A. et Baillaud L. | 1949 | 53 |
| Nutation d’une vrille ramifiée de Lagenaria vulgaris | Baillaud | 1950 | 54 |
| La nutation des vrilles de Passifloracées en présence de tuteurs | Quantin A. | 1950 | 54 |
| Aperçu bibliographique sur la Floristique et la Phytosociologie en Franche-Comté | Tronchet A. | 1950 | 54 |
| Herborisation au Mont-d’Or (Doubs) | Tronchet et Quantin | 1950 | 54 |
| Nutation des vrilles ramifiées | Tronchet A. et J. | 1950 | 54 |
| Représentation schématique des révolutions d’une vrille | Tronchet A. et J. | 1950 | 54 |
| Sur la présence à Besançon de Galinsoga aristulata | Tronchet A. et J. | 1950 | 54 |
| Sur deux modes de ralentissement dans le mouvement révolutif des vrilles | Tronchet A. et J., Crinquand | 1950 | 54 |
| Anatomie d’une fronde bifide d’Asplenium trichomanes | Baillaud L. | 1951 | 55 |
| Inversion de structure de la tige et fasciations tubulaires chez les Composées | Baillaud L. | 1951 | 55 |
| Contribution à l’étude des associations végétales des Alpes de I’Oisans ; les groupements végétaux des pierriers siliceux, des combes à neige sur sol calcaire et des combes à neige sur sol siliceux | Quantin A. et Netien | 1951 | 55 |
| Aperçu sur les jardins botaniques. Leur histoire, leur importance, leur rôle | Tronchet A. | 1951 | 55 |
| Le Jardin botanique de Besançon. Historique et état actuel. Suggestions en vue des futurs aménagements | Tronchet A. | 1951 | 55 |
| Herborisation à la source de la Loue | Tronchet A. et J. | 1951 | 55 |
| Sur quelques plantes peu répandues de la région de Besançon | Tronchet A. et J. | 1951 | 55 |
| Retard apporté à la chute des feuilles par un éclairage supplémentaire | Baillaud L. | 1951 | 55 |
| Notes critiques à propos d’une brève étude de la végétation en forêt de Chaux | Mathon | 1952 | 56 |
| Notes de floristique Carex humilis, Galinsoga aristulata, Asplenium adianthum nigrum, floraison vernale du Colchique, Lamium maculatum, Lamium lacteum Wallr. | Quantin A., Acolat L., Baillaud L. et Moreau | 1952 | 56 |
| Le Lathraea squamaria dans le Doubs | Baillaud L. et Bride A. | 1953 | 57 |
| Quelques stations de Limodorum abortivum | Baillaud L., Taboureau et Bride A. | 1953 | 57 |
| Sur quelques plantes intéressantes de la Haute-Saône | Bouchard | 1953 | 57 |
| Comparaison entre les forêts jurassiennes et les forêts vierges yougoslaves | Schaeffer | 1953 | 57 |
| Le sorbier hybride | Schaeffer | 1953 | 57 |
| Chenopodium botrys à Besançon | Tronchet A. et J. | 1953 | 57 |
| Les noms populaires des plantes en Franche-Comté | Baillaud L. et Moreau | 1954 | 58 |
| Note préliminaire sur Jussieua repens L. (= J. grandiflora Michx) | Berner | 1954 | 58 |
| Sur quelques plantes intéressantes de la Haute-Saône | Bouchard | 1954 | 58 |
| Les forêts de sapins du Jura méridional (première partie) | Lebeau | 1954 | 58 |
| Sur quelques stations du Centaurium pulchellum | Moreau, Courtot A.-M. et Baillaud L. | 1954 | 58 |
| Maintien des colonies de plantes méridionales sur la rive est du lac du Bourget | Quantin A. et Courtot A.-M. | 1954 | 58 |
| Forêts de Franche-Comté et forêts du Sundgau | Becker G. | 1955 | 59 |
| Les forêts de sapins du Jura méridional | Lebeau | 1955 | 59 |
| La descente du sapin dans le département du Doubs phénomène naturel ou provoqué par l’homme ? | Moreau et Schaeffer | 1955 | 59 |
| Les effets du froid exceptionnel de l’année 1956 sur la végétation provençale | Berner | 1956 | 60 |
| Remarques sur l’albinisme floral | Berner | 1956 | 60 |
| Les données scientifiques appliquées actuellement à la production du plant de pomme de terre | Carre | 1956 | 60 |
| A propos de Lycopodium clavatum | Baillaud L. | 1957-58 | 61 |
| Sur la germination du Lythrum salicaria | Baillaud L. | 1957-58 | 61 |
| Aconitum anthora à Gizia | Bugnon C. et Chevassus F. | 1957-58 | 61 |
| Un aspect peu connu de la barkhausie fétide | Chevassus P. | 1957-58 | 61 |
| Sur la structure de la plantule du gui et la nature du suçoir primaire | Tronchet A. et Montaut | 1957-58 | 61 |
| Note sur les yeux dormants de l’olivier | Berner | 1959-60 | 62 |
| Quelques observations sur la flore de la région | Litzler | 1961 | 63 |
| Sur deux stations d’Ulex europaeus | Quantin A. | 1961 | 63 |
| Osmunda regalis en Haute-Saône | Quantin et Perney | 1961 | 63 |
| Sur Veronica prostata L. et V. austriaca L. | Tronchet A. | 1962 | 64 |
| Observations tératologiques chez Digitalis purpurea ; présence d’une étamine supplémentaire | Tavant H., Millet B., Mange M. et Perney J.-P. | 1962 | 64 |
| Les arbrisseaux de nos parcs et les mycorhizes | Boullard | 1963 | 65 |
| Une station de Sisyrinchyum bermudianum aux environs de Besançon | Mange M. et Melin D. | 1963 | 65 |
| Commentaire d’un film montrant les mouvements des folioles latérales de Desmodium gyrans et des vrilles d’Eccremocarpus scaber | Tronchet A. | 1963 | 65 |
| Commentaire d’un film sur des vrilles de Passiflora coerulea se mouvant en présence de tuteurs | Tronchet A. | 1963 | 65 |
| Botanique et sucre | Carre | 1964 | 66 |
| Quelques observations floristiques | Litzler | 1964 | 66 |
| Une nouvelle contribution à l’étude des propriétés hydriques des sols et de leur influence sur la végétation | Tronchet | 1964 | 66 |
| Cyperus schweinitzii Torrey en France | Litzler | 1965 | 67 |
| Sur la prospection des sorbiers dans la région de Dole et la découverte d’hybrides intéressants | Litzler | 1965 | 67 |
| Présentation de la thèse de Doctorat d’Etat de Mlle Courtot “Etude morphologique et physiologique comparée de deux types liliacéens Bulbine et Asparagus” | Tronchet A. | 1966 | 68 |
| Influence du découvert sur les semis forestiers, les facteurs défavorables | Plaisance G. | 1966 | 68 |
| Nouvelles remarques sur les plantules de Bunium chaerophylloides | Tronchet A. | 1967 | 69 |
| A propos des capselles de notre région | Chevassus P. | 1968 | 70 |
| Nova et Vetera dans la flore du Midi | Litzler | 1968 | 70 |
| De l’ergot de seigle | Lenfant | 1969 | 71 |
| La phytosociologie méthodologie opérationnelle | Ritter J. | 1969 | 71 |
| Jardins d’hier et d’aujourd’hui | Charpy | 1969 | 71 |
| Excursion botanique au Crêt de la Neige et au Reculet | Prost | 1971 | 73 |
| Vue d’ensemble sur la végétation du lac de Remoray | Millet B. | 1971 | 73 |
| Où en est la systématique végétale ? | Bidault M. | 1972 | 74 |
| Promenade botanique dans l’étage alpin du Valais et des Grisons | Tronchet A. | 1972 | 74 |
| Aperçu de la flore et la végétation de la forêt de Levier | Barbe J. | 1972 | 74 |
| Clé de détermination des groupements végétaux des environs de la station biologique de Bonnevaux (Jura central) | Barre | 1972 | 74 |
| Etude botanique | Millet B. et P. | 1974 | 76 |
| Dernières découvertes jurassiennes | Prost | 1975 | 77 |
| Sur quelques plantes remarquables des Alpes centrales ou orientales rares ou absentes dans les Alpes françaises | Tronchet A. | 1975 | 77 |
| Végétation et Ecologie des forêts comtoises | Rameau J.-C., Schmitt A., Bidault M. et Gaiffe M. | 1980 | Spécial Forêt FC |
| Forêts et politique forestière en Franche-Comté du rattachement à la Révolution (1678 fin du XVIlle siècle) | Vion-Delphin F. | 1980 | Spécial Forêt FC |
| La production du bois et son utilisation en Franche-Comté | Daburon | 1980 | Spécial Forêt FC |
| L’utilisation du bois dans la tradition paysanne et artisanale comtoise | Demard | 1980 | Spécial Forêt FC |
| La forêt comtoise au cours des temps géologiques | Bidault M. et Campy M. | 1980 | Spécial Forêt FC |
| Sciences et Archéologie : application de la Dendrochronologie à l’Archéologie | Lambert, Lavier | 1983 | 81 |
| Curiosités botaniques à l’exposition mycologique, 9, 10 et 11 octobre 1983 | Millet P. | 1983 | 81 |
| Etude phytosociologique de La Chaille | Gillet et Bidault M. | 1986-87 | 83 |
| Aménagements en cours Plantations expérimentales et sentier écologique. | Gomot L. | 1986-87 | 83 |
| Bryophytes et champignons du bois de La Chaille | Caillet M. | 1986-87 | 83 |
| Itinéraire naturaliste dans le massif de la Serre (39) | Mange M. et Morre-Biot N. | 1986-87 | 83 |
| Les Dactylorhizes d’Écosse - Analyse numérique phénertique de 11 taxons | Philippe M., Hideux M. | 1986-87 | 83 |
| Aperçu botanique de la combe de Narderant dans le massif du Reculet (Ain) | Caillet M. et Vadam J.-C. | 1988-91 | 84 |
| Sécheresse et dépérissement de l’épicéa dans le massif jurassien | Badot P.-M., Perrier P. et Badot M.-J. | 1988-91 | 84 |
| La culture in vitro des végétaux, principales bases théoriques et méthodologiques | Badot P.-M. | 1990-91 | 85 |
| Les pelouses à orchidées de la région de Vézelay | Collin P. | 1992-95 | 86 |
| Welwitschia mirabilis | Perney J.-P. | 1992-95 | 86 |
| De l’inventaire des orchidées de Haute-saône | Berthiaux A. | 2000-01 | 88 |
| A la redécouverte de nos variétés de fruits et de légumes | Dupont B., | 2000-01 | 88 |
| Etonnante pollinisation | Millet P. | 2000-01 | 88 |
| Arbres sacrés, forêts sacrées | Leloup R. | 2004-05 | 90 |
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